матеріал (кал) на кишковий дисбактеріоз збирається до початку лікування антибактеріальними і хіміотерапевтичних препаратів;
за 3-4 дні до дослідження необхідно скасувати прийом проносних препаратів, касторової і вазелінового масла, припинити введення ректальних свічок. Кал, отриманий після клізми, а також після прийому барію (при рентгенівському обстеженні) для дослідженню не підлягає;
збирати фекалії для дослідження слід вранці;
дефекацію виробляють в суху чисту, попередньо продезинфіковану ємність. Важливо ретельно видалити дезінфектанти з поверхні ємності, обполоснути окропом і охолодити до кімнатної температури. Перенести пробу калу в одноразовий пластиковий контейнер з герметичною кришкою і ложечкою-шпателем (1,5-2,0 г) в стерильний одноразовий контейнер. При наявності в випорожненні патологічних домішок - гній, слиз, кров, пластівці - їх необхідно включити в пробу, що відбирається;
якщо фекалії рідкі, контейнер заповнюють не більше ніж на 1/3 об'єму;
у реанімаційних хворих, маленьких дітей допускається збирати матеріал зі стерильною сухої пелюшки, не торкаючись тканини;
не допускати попадання в пробу калу сечі або води;
пробу доставляють в лабораторію не пізніше 2-х годин з моменту збору. У разі крайньої необхідності (неможливості отримати ранкову пробу), допустимо залишити матеріал, отриманий напередодні під час вечірньої дефекації, в холодильнику, і доставити його в лабораторію вранці.